Shadow Empires introdujo un nuevo concepto en el juego: las facciones. Al comienzo del juego, los jugadores seleccionan su raza y adicionalmente una facción. Hay 5 facciones. Cada facción comienza el juego en una posición diferente en el mapa:

Imperio – en el centro	Dinastia – en el sudeste
Rebeldes – en el noroeste	Horda – en el este
Merodeadores – en el norte

Al principio, los nuevos jugadores de una facción específica comenzarán en la misma región. Una vez que se llene, los nuevos jugadores comenzarán a aparecer en otra región cercana, y así sucesivamente. Ya no depende de los cuartos o de la distancia al centro del mapa.

Regiones

Las facciones no sólo determinan la posición inicial de los jugadores, sino que también introducen un nuevo nivel de cooperación entre ellos.

Las regiones son ahora conquistadas por facciones, no por alianzas individuales. Tanto las facciones como las alianzas que ayudaron a conquistar regiones ganan puntos de victoria. Sin embargo, sólo una alianza puede acceder al antiguo poder de la región. Consulta el artículo sobre regiones y poderes antiguos para más detalles.

Jugadores y alianzas en facciones

Los jugadores seleccionan su facción al comienzo del juego y no pueden cambiar esta selección.

Una alianza pertenece a la facción del jugador que creó esa alianza. Tampoco puede ser cambiada más tarde.

Sin embargo, los jugadores son libres de unirse a cualquier alianza que deseen. Así que aunque hayas comenzado el juego jugando para Rebeldes, puedes unirte a una alianza que pertenezca a la Horda o a cualquier otra facción.